No te preocupes, porque la matrícula pequeña está homologada ya por fábrica y no te pueden multar por ello.
Yo todos los leones que han pasado por mis manos, han salido siempre con la matrícula pequeña.
De todas formas, como siempre hay si te paran te puede tocar uno que esté aburrido y con ganas de buscarte las vueltas, si quieres te puedes imprimir lo que te he adjuntado y lo llevas junto con la documentación y listo.
Podrás para argumentar que tienes la razón si alguien lo pone en duda, y listo.
También puedes hacer lo que dice dieguito110, pero yo creo que no hace falta. Cobrar 50€ en la Seat por ponerte en un papel que tu Leon está autorizado a llevar la matrícula es un poco de jeta. (Hubiera sido un detalle que te lo hubieran dado al menos sin cobrarte nada..en fin..ya ves..)
Sobre este tema seguro que hay muchos más post (pero por no buscar..

que estamos de viernes...)
Salu2!!