Buenas,
Siento no haberte contestado antes... con la navidad de por medio no había visto el post, sorry...
Me alegro de que ya tengas el techo funcionando correctamente... estaba claro que el problema era de esa instalacion eléctrica del techo...

Con respecto a lo que comentas, no se si hablas de la alarma de serie del coche, o de otra alarma independiente que hayas montado después, ya que con la alarma de serie, cuando pulsas 2 veces al boton de cerrar NO se desconecta la alarma, lo que se desconecta es el DOBLE CIERRE.
Es una creencia muy común, pero errónea... cerrar 1 o 2 veces con el mando no tiene absolutamente nada que ver con la alarma.
- 1 pulsación al boton de cerrar provoca que las puertas se cierren, se active el doble cierre y se conecte la alarma
- 2 pulsaciones al boton de cerrar provoca que las puertas se cierren SIN el doble cierre y se conecte la alarma.
El "doble cierre" no es más que un sistema "extra" de seguridad que tiene la cerradura y que impide que se pueda abrir la puerta del coche desde dentro (con el doble cierre, aunque un ladrón rompa el cristal y meta la mano para accionar la manecilla de apertura que hay en el interior de la puerta, ésta NO se abriría).
Es útil desconectarlo si por ejemplo, cierras el coche con alguien dentro (por ejemplo, cierras el coche mientras estas repostando, pero tu novia se queda dentro esperando, por ejemplo). Con el doble cierre, ella estaría encerrada, y no podria salir hasta que tu volvieras de nuevo a abrir el coche. Pero sin el doble cierre, ella podría abrir la puerta desde la maneta interior normalmente si quisiera salir. Esa es la diferencia.
En cualquier caso, activar la función de 1 o 2 clicks en el mando es cosa de la centralita confort, por lo que si has estado trasteando con ella, quizás se haya ido esa codificación. Es muy facil activarla de nuevo, solo necesitas el vagcom, el easyccm, o algun programa similar (está muy explicado en otros posts, si usas el buscador un rato seguro que lo encuentras)
Saludos,