Para poneros en situación:
El coche no cerraba el maletero, con el centralizado y tampoco cerraba las puertas, al final la solución ha sido la siguiente.
Pues el otro día nos hemos puesto Mail y yo a tema de cambiar la confort puesto que pensábamos que el problema era de la confort y nada hemos quitado el bajo volante y con el easyccm hemos copiado todos los bits pantalla por pantalla luego hemos desconectado la confort vieja y hemos puesto la nueva, el proceso sencillo y para toda la familia, quitas lo dos conectores y los pones en la nueva.
Hemos codificado los mandos de las llaves (con el libro manual del coche) y nos hemos puesto a probar, todo esto sin codificar al confort con la características que tenia la mía, y el coche cierra y abre, tanto el maletero como todo el coche, digo buahh logrado ahora ponemos los bits bien como tenia la mía y ya está.
Pues empieza MAIL a pasar fotos y yo con easyccm codificando y de repente veo que hay una cosa que de serie esta marcada y en la mía no, extrañado lo marco y prosigo con la configuración, termino y le digo a MAIL sal y prueba.
Ha dejado de funcionar el maletero de nuevo, no puede ser!!!
Mi mente algo lucida recordó que dejando los bits de serie funcionaba, pues digo ya se donde esta el fallo, vuelvo a entrar con el easyccm y desmarco el bit 5 de la primera pantalla que pone "ni idea" y guardo. Sale MAIL y prueba y el maletero cierra perfectamente.
Pensamos si codificamos de nuevo la vieja, funcionará, pues le digo a MAIL cambia los conectores que voy a probar, cambia los conectores entramos de nuevo con el easyccm y vuelvo a codificar y tachannn mi vieja centralita confort vuelve a funcionar como siempre.
Así que si lo lee el maestro Madelgado el bit 5 de la primera columna es desactivación del cierre centralizado del maletero.
Os dejo unas capturas para que veáis como se codifica una centralita, con alarma OEM, cierre al pasar de 20km/h y desbloqueo al quitar la llave y pitidos al abrir y cerrar el coche.
Esta configuración vale para las confort 1c0 959 799 F

By xylen2, shot with Canon DIGITAL IXUS 40 at 2009-11-17

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Este es el bit famoso que me ha dado unos dolores de cabeza muy grandes, es el seleccionado en verde, si lo marcamos no cierra el maletero con el cierre centralizado.

By xylen2, shot with Canon DIGITAL IXUS 40 at 2009-11-17
Lo bueno de este problema es que ya tengo una centralita codificada con mi llaves por si algún día (dios no lo quiera) se rompe solo tengo que cambiarla y a funcionar.
Un Saludo
PD: No lo doy como solucionado por si alguien quiere comentar algo.